Институт был создан 27 июня 1989 Постановлением Президиума Академии наук СССР № 577. Начавшееся в 30-е годы XX столетия энергичное развитие на Кольском полуострове горнодобывающей, металлургической, химической и энергетической отраслей промышленности, оборонного комплекса и сопутствовавший им рост инфраструктуры и урбанизации привели к значительным нагрузкам на природу Крайнего Севера. Для формирования научного подхода к оценке состояния живых организмов и среды их обитания Президиум АН СССР в 1978 г. создал в структуре Кольского филиала АН СССР Лабораторию охраны природы, которую возглавил доктор биологических наук Василий Васильевич Крючков. В 1989 г. в связи с необходимостью совершенствования экологической концепции природопользования на базе Лаборатории охраны природы был организован первый в стране многопрофильный экологический Институт проблем промышленной экологии Севера (ИППЭС КНЦ РАН). Основателем и первым директором Института стал доктор технических наук, Заслуженный деятель науки и техники д.т.н. Геннадий Валерианович Калабин. Так было положено начало научному эксперименту, когда специалисты различных направлений (биологи, химики, географы, математики, технологи) объединились для достижения общей цели – разработки научных основ экологической оптимизации природопользования на Севере на примере Кольского полуострова, как наиболее урбанизированного и комплексно развитого горно-перерабатывающего региона Крайнего Севера России. На протяжении 15 лет с 2001 по 2016 гг. Институт возглавлял д.т.н. Владимир Алексеевич Маслобоев. Именно при нем в Институте были выведены на новый качественный уровень работы по изучению биоразнообразия. В это же время в Институте получили развитие междисциплинарные исследования на стыке наук о Земле и биологических наук: теоретическое и экспериментальное обоснование методов восстановления техногенно нарушенных лесных экосистем и биорекультивации отвалов промышленных отходов; биотехнологии извлечения металлов; очистки и ремедиации природных и техногенных сред от нефтяных и других загрязнителей. Было продолжено и расширено сотрудничество с ведущими учреждениями РАН и Кольского научного центра, крупными промышленными предприятиями, расположенными на территории Мурманской области и за ее пределами. В институте были выращены собственные научные кадры. В штат были приняты молодые, но уже доказавшие свою состоятельность ученые. С декабря 2016 года временно исполнял обязанности директора д.б.н., профессор Николай Александрович Кашулин. С марта 2018 года Институт возглавляет д.т.н. Дмитрий Викторович Макаров.